Das Dorf liegt im Haslital im Berner Oberland, sechs Kilometer südöstlich von Meiringen entfernt, von diesem durch die Aareschlucht getrennt und ist ein wichtiger Verkehrsknotenpunkt (Susten- und Grimselpass).

Durch die Gemeinde fliesst die Aare, der längste Fluss der Schweiz, der in der südlichen Nachbargemeinde Guttannen ihren Anfang nimmt. Innertkirchen ist Ausgangspunkt zum Triftgletscher und Rosenlauigletscher via Meiringen oder via Bergpfad zur Dossenhütte. Zu Innertkirchen gehört auch das Gental, an dessen Ende die Engstlenalp mit dem Engstlensee liegt. Von Innertkirchen führt zudem die Strasse nach Understock und ins Urbachtal, von wo aus man weiter zum Gauligletscher, der Dossenhütte und der Engelhornhütte kommt.